He encontrado la siguiente pagina, donde hay información sobre como optimizar el MySQL para sistemas con poca memoria. Básicamente se trata de incluir los siguientes parámetros en el fichero /etc/mysql/my.cnf:

[mysqld]
 skip-locking
 key_buffer=16K
 max_allowed_packet=1M
 thread_stack=64K
 table_cache=4
 sort_buffer=64K
 net_buffer_length=2K 

Y si no se utilizan tablas del tipo innoDB, se puede añadir también:

skip-innodb

Yo lo he probado, y se nota, tampoco hace milagros, pero va mejor.

Original: Optimizing Apache/PHP/MySQL for low memory use Via: NSLU.info