Una de las mayores ventajas de InnoDB sobre MyISAM es la posibilidad de utilizar transacciones. Con esto evitamos que dos usuarios intenten modificar los mismos datos simultáneamente. Esto no es algo habitual en las paginas web, pero es algo imprescindible en aplicaciones bancarias. Si estas interesado en como funcionan las transacciones en MySQL y como las gestiona InnoDB, puedes ver la presentación en MySQL University Vía: PHP Freaks